申请市级孵化器认定程序：

1.申报单位向区科技行政主管部门提交申请材料。

2.区科技行政主管部门进行受理并进行初步形式审核后，将相关材料报送市科技行政主管部门。

3.市科技行政主管部门通过购买服务方式确定第三方服务机构。第三方服务机构负责组织专家开展会议评审，对通过会议评审的单位开展现场考察。

4.市科技行政主管部门作出认定决定后公示认定结果，公示7天无异议或者异议不成立的，认定为市级孵化器并颁发牌匾。

5.公示期间提出异议的个人或单位，应当以书面形式向市科技行政主管部门提出，由市科技行政主管部门进行复查。市科技行政主管部门在完成复查后，将结果书面告知提出异议的个人或单位。